北海道

・登別温泉：北海道登別市登別温泉町80
　・毎年の2月3日、4日にかけて奇祭「登別温泉湯まつり」が行われる

岩手県

・もりおかかいうん神社（淡島明神社）：岩手県盛岡市北山2丁目12-12
　・毎年7月の第3土曜日に智和伎神社と併せて奇祭「淡島・金勢祭り」が行われる
・智和伎神社（金精神社）：盛岡市東中野字金勢1-1
　・毎年7月の第3土曜日に淡島明神社と併せて奇祭「淡島・金勢祭り」が行われる
・遠野郷八幡宮：岩手県遠野市松崎町白岩23地割19
　・毎年9月の第3土曜日から翌日曜日かけて奇祭「日本のふるさと遠野まつり」が行われる
・大沢金勢神社：岩手県花巻市
　・奇祭「大沢金勢まつり」で用いられる御神体を奉納している
・蒼前神社：岩手県二戸市上斗米中沢
　・「中沢虫追いまつり」で使用される性器付きの藁人形が作られる
・高清水稲荷神社：岩手県二戸市御返地福田
　・「福田人形まつり」で使用される性器付きの藁人形が作られる
・枋ノ木神社：岩手県二戸市石切所枋ノ木10-11
　・金勢様を祀る神社であり「黄金の男根」が御神体として祀られている
・巻堀神社：岩手県盛岡市 玉山区巻堀本宮27-2
　・金精神を祀る金精信仰発祥の地とも云われ、男径の像を御神体としている

宮城県

・秋葉神社：宮城県石巻市雄勝町名振字東45-1
　・毎年1月24日に奇祭「おめつき火伏せ祭り」が行われる
・荒脛神社：宮城県多賀城市市川伊保石49
　・「道祖神」とされる木造の男根形の御神体が多数祀られている

秋田県

・中里塞之神堂：秋田県仙北市西木町桧木内中島55
　・注連縄で縛った木製の男根を投げて木に引っかける「カンデッコあげ」という行事が行われる

山形県

・大宮子易両神社：山形県西置賜郡小国町大字大宮237
　・「金丸太郎」と「種沢花子」の逸話に因み、それぞれの名が付いた男根と女陰の木像が祀られている
・平塩熊野神社：山形県寒河江市平塩1-1
　・毎年旧暦1月15日（2月中旬～下旬）に奇祭「御塞神祭」が行われる

福島県

・奥会津博物館（南郷館）：福島県南会津郡南会津町界川久保552
　・「火伏せ呪具」と呼ばれる呪具が4000点以上展示され、その中には男根形のものもある

栃木県

・水使神社：栃木県足利市五十部町1235
　・毎年4月と10月の例祭の日に秘蔵の珍宝が開帳される
　・手水舎に男根形の像が配され、乳房形の自然木も存在する
　・女性の下着が奉納されるという珍習があるとも

千葉県

・大宮神社：千葉県山武郡芝山町山田1441
　・毎年12月14日に奇祭「あらい祭り」が行われる
・神野寺：千葉県君津市鹿野山324-1
　・毎年8月14日に奇祭「人形焼」が行われる
・礼林寺（牛頭天王堂）：千葉県市川市大野町4-3067
　・牛頭天王堂では「牛頭天王」とされる巨大な男根形の木像などを祀っている
・大鷲神社：千葉県印旛郡栄町安食3620
　・毎年12月の初酉の日を含む3日間に奇祭「安食の酉の市」が行われる
　・「魂生大明神」という巨大な男根形の御神体が祀られている
・成田豊住熊野神社：千葉県成田市南羽鳥76
　・境内の外れに鎮座する小さな社殿奥に折れた男根形の石像が祀られている
・稲荷神社：千葉県柏市今谷上町63
　・弁財天を祀る末社の中に男根形の石像が祀られている
・布佐台観音堂：千葉県我孫子市布佐1002
　・石神堂の中に多数の男根形の石像が祀られている（石棒に類似する）
・石上大明神？（社名不詳）：千葉県野田市下三ヶ尾339
　・桃色の巨大な男根形のオブジェを祀る
・厳島神社（白浜）：千葉県南房総市白浜町白浜629
　・木製の男根と女陰を表す貝殻が安置される

茨城県

・鹿島神社：茨城県稲敷郡阿見町福田650
　・毎年旧暦11月15日・16日（12月中旬）にかけて奇祭「福田の馬鹿祭り」が行われる
・牛渡鹿島神社：茨城県かすみがうら市牛渡4190
　・毎年5月5日に奇祭「へいさんぼう」が行われる
・神明神社：茨城県取手市米ノ井386-3
　・男根形の石像がある
・山王神社：茨城県取手市山王1793
　・「石神大明神」を祀る祠の中に大量の男根形の石像が安置されている
・石神神社：茨城県守谷市乙子427
　・「石神」の御神体とされる男根形の石像が奉納されている
・鹿島神社：茨城県桜川市下泉40
　・毎年12月に氏子に伝わる奇祭「大飯祭り」が行われる
・御船神社：茨城県行方市蔵川495-2
　・毎年5月下旬に「ナーバ流し」という神事が行われる
・高道祖神社：茨城県下妻市高道祖4495-2
　・毎年旧暦1月15日（2月中旬～下旬）に「道祖神祭」が行われる
　・本殿裏の道祖神の祠に多数の男根形の石像が祀られている

東京都

・花園神社（威徳稲荷神社）：東京都新宿区新宿5-17-3
　・境内社の威徳稲荷神社には、男根形の木像と石像が祀られている
・西台天祖神社：東京都板橋区西台2-6-29
　・「おしわぶき様」と呼ばれる男根形の石像を祀っている

神奈川県

・若宮八幡宮（金山神社）：神奈川県川崎市川崎区大師駅前2丁目13-16
　・毎年4月の第一日曜日に奇祭「かなまら祭」が行われる
　・境内社である金山神社には、多数の男根形の像が安置されている
・神明社：神奈川県足柄上郡山北町皆瀬川1533
　・数年おき（5、6年に一度）の10月16日に「山北のお峯入り」が行われる
・淡島神社：神奈川県横須賀市芦名1-18-29
　・毎年3月3日に例祭「流し雛」が行われる
　・御神体として、男根形の石像を祀っている

新潟県

・雲母神社：新潟県岩船郡関川村上関669-21
　・鳥居の前や本殿などに数多くの男根形の像が安置されている
　・毎年8月には付近で大蛇をテーマにした「大したもん蛇まつり」が行われる
・藪上神社（八幡宮）：新潟県魚沼市堀之内3442-3
　・毎年2月11日に奇祭「雪中花水祝」が行われる
・観音寺：新潟県魚沼市小出島596
　・弁財天宮と併せて毎年6月に奇祭「しねり弁天たたき地蔵」が行われる
　・「金精様」は500kgもある巨大な男根形の御神体である
・弁財天宮：新潟県魚沼市井口新田396-2
　・観音寺と併せて毎年6月に奇祭「しねり弁天たたき地蔵」が行われる
　・「弁天様」とされる女陰を模った注連縄がある
・ほだれ大神：新潟県長岡市来伝
　・男根形の木像を祀る小さな祠（巨大な注連縄の巻かれた御神木の横に祀られる）
　・毎年3月第2日曜日に奇祭「ほだれ祭」が行われる
・音子神社：新潟県長岡市上樫出1973
　・毎年8月の第四日曜日に奇祭「珍棒地蔵祭り」が行われる
・草刈神社：新潟県佐渡市羽茂本郷1698
　・毎年6月15日に行われる「羽茂まつり」では「鬼舞つぶろさし」が奉納される
・菅原神社：新潟県佐渡市羽茂本郷2081-1
　・毎年6月15日に行われる「羽茂まつり」では「太神楽つぶろさし」が奉納される
・度津神社：新潟県佐渡市飯岡550-4
　・毎年6月15日に行われる「羽茂まつり」では「妹背神楽つぶろさし」が奉納される

長野県

・男石神社：長野県上田市殿城1263
　・男女の性器を模った石像を祀れており、春画も奉納されている
・美ヶ浜温泉：大島郡周防大島町片添ヶ浜
　・毎年9月第4土曜日に「道祖神祭り」が行われる
・千国諏訪神社：長野県北安曇郡小谷村千国乙3435
　・毎年9月中旬に2日間かけて奇祭「ささらすり」が行われる
・北沢大石棒：長野県南佐久郡佐久穂町高野町上北沢1433
　・縄文中期にこの地から産出した日本最大の石棒（男根を模した祭具）とされる

山梨県

・金山神社：山梨県甲斐市宇津谷5114
　・毎年1月28日に行われる「金剛地金山神社祭典」では男女の性器を模った餅が振る舞われる
　・多様な種類の男根形の像を御神体として祀っている
・浅間神社：山梨県笛吹市一宮町一ノ宮1684
　・「子持石」「枕石」「陰陽石」という男根形の石像が安置されている
・夫婦木神社：山梨県甲府市御岳町2041
　・男女の性器のように見える木を御神木として祀っている
　・アメノウズメの神像を祀る台は女陰を模っているとされる

石川県

・兼六園：石川県金沢市兼六町1-4
　・鶺鴒島には男女の性器を模った「陰陽石」が祀られている

静岡県

・稲取温泉：静岡県賀茂郡東伊豆町稲取1558-4
　・毎年6月第1火～水曜日に奇祭「どんつく祭り」が行われる
・西福寺：静岡県菊川市吉沢523
　・縄文時代の遺物とされる男根形の石像を「麻羅地蔵」として祀っており、子宝に霊験あらたかとされる

愛知県

・田縣神社：愛知県小牧市田県町152
　・毎年3月15日に大縣神社と併せて奇祭「豊年祭」が行われる
　・境内のあらゆる所に男根形のオブジェを配している
・大縣神社：愛知県犬山市宮山3
　・毎年3月15日に田縣神社と併せて奇祭「豊年祭」が行われる
　・女陰を模った「姫石」という石が祀られている
・真清田神社：愛知県一宮市真清田1丁目2-1
　・子宝に恵まれるとされる男根形の石を祀る
・熱池八幡社：愛知県西尾市熱池町神田78
　・毎年1月3日に奇祭「てんてこ祭」が行われる
・日吉神社：愛知県清須市清洲2272
　・女陰形の「子産石」という石が祀られている

三重県

・仲山神社：三重県津市美杉町下之川5293
　・毎年2月11日に奇祭「牛蒡祭」が行われる
・山の神さんの祠：三重県度会郡南伊勢町斎田1034
　・毎年12月8日に奇祭「斎田の山の神さん」が行われる
・篝堂：三重県尾鷲市南浦2546-16
　・毎年2月7日に奇祭「山の神笑い祭り」が行われる

滋賀県

・松尾神社：滋賀県湖南市平松263
　・毎年7月31日に奇祭「ぼんのこへんのこ祭」が行われる

京都府

・柳谷観音立願山楊谷寺：京都府長岡京市浄土谷堂ノ谷2
　・「愛染堂」の天邪鬼像には勃起した男根があしらわれている
・岩屋神社：京都府京都市山科区大宅中小路町67
　・奥宮に男女の性器形の自然石を祀っている

奈良県

・飛鳥坐神社：奈良県高市郡明日香村飛鳥707番地1
　・毎年2月第1日曜日に奇祭「おんだ祭」が行われる
　・境内には多様な陰陽石が祀られている
・岩尾神社：奈良県山辺郡山添村吉田1437-1
　・「男岩」と「女岩」という性器を模った御神体がある
・千光寺：奈良県生駒郡平群町鳴川188
　・山門付近に性器を露わにした「夫婦和合の像」がある
・龗神神社：奈良県桜井市茅原342（三輪山）
　・付近に男女の性器形の石像が祀られている
・神田神社：奈良県天理市杣之内町（石上神宮付近）
　・社殿前の「烏帽子岩」は男性器を模ったものと思われる

大阪府

・玉祖神社：大阪府八尾市神立443番地
　・「樟樹の石棒」という男根形の石像がある
・磐船神社：大阪府交野市私市9丁目19-1
　・境内の磐座群にある「大岩大神」は男根を「白福大神」は女陰を表すとされる

和歌山県

・淡島神社：和歌山県和歌山市加太118
　・境内の一角に男根や女陰を模ったオブジェを祀る社がある（子授・安産などの御利益があるとされる）
・阪田神社（歓喜神社）：和歌山県西牟婁郡白浜町坂田1-1（白浜美術館内）
　・男女の性器を模った御神体が数多く安置されている（秘宝館的な場所にある）

岡山県

・金勢大明神：岡山県赤磐市西勢実840
　・「金勢大明神」という男根形の巨大な木像が祀られている
・七曲神社：岡山県岡山市北区御津金川602
　・毎年10月に奇祭「はなよ」が行われる

島根県

・八重垣神社：島根県松江市佐草町227
　・「山神社」に巨大な男根形の木像が祀られている

山口県

・麻羅観音：山口県長門市俵山6688-1
　・大内義隆の子・歓寿丸の故事に因み、その供養のために多数の男根の石像が祀られている

徳島県

・八幡神社（姫神神社）：徳島県海部郡牟岐町大字灘字宮田1-1
　・毎年夏（7月下旬～8月上旬）に奇祭「姫神祭」が行われる
・林下寺：徳島県三好郡東みよし町中庄2271
　・境内には多種多様な男根像が祀られ、裸の弁財天も祀られている（寺名からインドのシヴァ信仰を彷彿する）
・天石門別八倉比売神社：徳島県徳島市国府町矢野531
　・奥の院に祀られる「つるぎ石」は、その形容から男性器を指すと思われる

高知県

・朝峯神社：高知県高知市介良乙1927
　・境内に男根形の石像を祀っている

愛媛県

・多賀神社（性文化財 凸凹神堂）：愛媛県宇和島市藤江1340
　・「イザナギの黄泉国訪問」に因む神社
　・境内の「凸凹神堂」では、世界各地の性にまつわる宗教・民俗・風俗の資料が展示されている
・阿奈波神社：愛媛県今治市大三島町宮浦
　・男根形の御神体が多数祀られている
　・女性信仰があり、子宝や性病に霊験あらたかとされる（女性の下着が奉納されるとも）
・別宮大山祇神社（阿奈婆神社）：愛媛県今治市別宮町3丁目6-1
　・下半身の病に御利益があるとされる男根形の石像を祀る（イワナガヒメを祀る）
　・大三島の阿奈波神社から勧請された神社

香川県

・冠纓神社：香川県高松市香南町由佐1413
　・賽の神（道祖神）は古代の性器崇拝に因むものとされる
　・境内社の地球新生神宮に祀られる磐座は男性器を模した道祖神に類似する

福岡県

・深倉峡（深倉園地）：田川郡添田町落合
　・深倉峡には「男魂岩(おとこいわ)」と「女岩」という注連縄で結ばれた性器形の奇岩と石像がある
　・毎年11月中旬（10日ごろ？）に奇祭「英彦山男魂祭」が行われる
・霊巌寺：福岡県八女市黒木町笠原9731
　・男根形の巨大な自然石をはじめとする数多くの奇石が立ち並んでいる
・粟島神社：福岡県筑後市羽犬塚652-1
　・男根形の道祖神像が奉納されている
・下庄八幡神社（珍宝神社）：福岡県みやま市瀬高町下庄1398
　・男根形の小さな御神体が祀られている

佐賀県

・鏡山神社：佐賀県唐津市鏡6052-20
　・鏡山同祖神と呼ばれる男女一体になった巨大な性器の御神体がある
・男女神社：佐賀県佐賀市大和町久留間5109
　・境内に「鞘の神」という男根形の奇石が祀られている
・嬉野観光秘宝館：佐賀県嬉野市塩田町大字大草野丙13番地
　・館内の「和合神社」「珍宝神社」では女陰形の「道祖女神」や男根形の「金精神」などが祀られている
・道祖神社：佐賀県武雄市武雄町武雄
　・男根と女陰を模った数々の像が祀られている

長崎県

・木花開耶姫神社：長崎県雲仙市小浜町雲仙378-1
　・「男ノ神」と「女ノ神」と名付けられた男女の性器形の石像が祀られている
・淡島神社：長崎県雲仙市国見町神代甲
　・道祖神として男根形の木像が祀られている
・諏訪神社：長崎県長崎市上西山18-15
　・一の鳥居と二の鳥居の間の足元には「男石」「女石」「男女合体石」が嵌め込まれている

熊本県

・弓削神社：熊本県熊本市北区龍田町弓削489
　・巨大な男根形の木像が祀られており、浮気封じとして釘を打ち込んだ男女の性器像が奉納される
・上弓削神社：熊本県熊本市東区弓削町258
　・多種多様の男根形の像が奉納されている
・八つの神様ご利益めぐり：熊本県玉名郡和水町
　・身体に因む奇石の中に男根・女陰を模った像や自然石が祀られている
・柴立姫神社：熊本県球磨郡球磨村一勝地淋
　・境内には「柴立姫大神」という巨大な男根の木像ほか、多数の男根像が奉納されている
・塞神社：熊本県球磨郡湯前町1598
　・境内には乳房を模ったものが多数奉納され、塞神社では男根形の木像が祀られている
・粟嶋神社：熊本県宇土市新開町557
　・男根や女陰を模った御神体が祀られている

大分県

・松尾神社：大分県日田市内河野171-1
　・境内に多種多様の男根像が奉納されている
　・毎年4月に「きのうさま祭り」が行われる
・伊美別宮社：大分県国東市国見町伊美
　・「陰陽神」と呼ばれる男女一体の御神体が祀られている（リンガとヨーニに類似する）
・幸徳観音：大分県豊後大野市千歳町船田2011-1
　・「幸徳観音」という巨大な男根を祀り、そのほか大小無数の男女の性器像が奉納されている
・黒津崎海岸：大分県国東市国東町小原3204
　・男根形の自然石がある
・やよい天狗：大分県別府市北浜1丁目
　・別府駅付近にある天狗像であり、背部に密かに女陰が施されている
　・「別府八湯温泉祭」で天狗みこしとして担がれる

宮崎県

・陰陽石神社：宮崎県小林市東方3332-5
　・男女の性器形の巨大な「陰陽石」が祀られており、龍にまつわる伝承がある